१२ आमदारांच्या नियुक्त्या

६ नोव्हेंबर २०२० रोजी उद्धव ठाकरे यांच्या नेतृत्वाखालील महाविकास आघाडी सरकारने राज्यपाल नियुक्त कोट्याअंतर्गत विधान परिषदेचे सदस्य म्हणून नियुक्त करण्यासाठी १२ आमदारांची यादी राज्यपाल कोश्यारींकडे दिली. मात्र तब्बल २३ महिन्यांपासून ही यादी प्रलंबित आहे. आता नव्याने स्थापन झालेल्या शिंदे गट आणि भाजप सरकारकडून यादी पाठवली. सरकारने पाठवलेला प्रस्ताव वेळेत स्वीकारणं किंवा नाकारणं राज्यपालांना घटनात्मकदृष्ट्या बंधनकारक असल्याचं मुंबई उच्च न्यायालयाने यापूर्वी सांगितलं होतं.
अचानक पहाटे शपथविधी

१२ नोव्हेंबर २०१९ रोजी महाविकास आघाडी सरकार अर्थात शिवसेना, काँग्रेस आणि राष्ट्रवादी काँग्रेस विधानसभा निवडणुकीनंतर एकत्र युती करण्यात व्यग्र असताना, कोश्यारी यांनी भाजपचं नेतृत्व करणाऱ्या फडणवीस यांचा अचानक सकाळी शपथविधी सोहळा आयोजित केला होता. त्यावेळी सर्वाधिक जागा भाजपने जिंकल्या होत्या, पण स्वबळावर सरकार बनण्याइतक्या जागा नव्हत्या. त्यामुळे फडणवीसांनी राष्ट्रवादीच्या अजित पवारांशी हातमिळवणी केली आणि मुख्यमंत्रीपदाची शपथ घेतली. कोश्यारी यांनी फडणवीसांना ही शपथ दिली होती. हे सरकार केवळ तीन दिवस टिकलं होतं.
सभापतींची निवडणूक

कोश्यारी यांनी महाविकास आघाडी सरकारला सभापतींच्या निवडणुका घेण्यास परवानगी दिली नाही. (मागील सभापती नाना पटोले यांनी राजीनामा दिली आणि प्रदेश काँग्रेस अध्यक्षपदाचा पदभार स्वीकारला) तरीदेखील सरकारला २८ डिसेंबर २०२१ रोजी निवडणुका घ्यायच्या होत्या. महाविकास आघाडी सरकारच्या अनेक शिष्टमंडळांनी कोश्यारी यांच्याकडे पाठपुरवठा केला, ठाकरे यांनी या संदर्भात राज्यपालांना तीन पत्रही लिहिली. मात्र आता शिंदे-फडणवीस सरकार सत्तेवर आल्यानंतर काही दिवसांतच सभापती निवडीची परवानगी दिली.
वादग्रस्त विधानं

१२ ऑक्टोबर २०२० रोजी राज्यपालांनी माजी मुख्यमंत्री उद्धव ठाकरे यांना पत्र लिहून कोविड-१९ साथीच्या रोगाचा प्रादुर्भाव वाढत असताना राज्यातील प्रार्थनास्थळं पुन्हा सुरू करण्यास सांगितलं. त्यावेळी त्यांनी पत्रात तुम्ही सेल्युलर झालात का असा सवाल केला होता. त्यांच्या या पत्राची मोठी चर्चा झाली होती. फेब्रुवारीमध्ये कोश्यारी यांच्या वक्तव्यावरुन आणखी एक वाद झाला होता. मुंबईतून गुजराती, मारवाडी लोकांना काढून टाकलं, तर मुंबई आर्थिक राजधानी राहणार नसल्याचं त्यांनी म्हटलं होतं. त्यांच्या या वक्तव्यावर सर्वच स्तरातून टीका झाल्यानंतर त्यांना याबद्दल माफीही मागावी लागली होती.
महिलांची सुरक्षा

सप्टेंबर २०२१ मध्ये कोश्यारी यांनी ठाकरे यांना एका पत्राद्वारे मुंबईतील साकीनाका बलात्कार प्रकरणाच्या पार्श्वभूमीवर महिला सुरक्षेच्या मुद्द्यावर चर्चा करण्यासाठी भाजप आमदारांच्या मागणीवर विचार करण्याची विनंती केली. यावर ठाकरेंनी त्यांना सांगितलं, की महिलांवरील हिंसाचार हा राष्ट्रीय मुद्दा असल्याने राज्यपालांनी पंतप्रधान नरेंद्र मोदी आणि केंद्रीय गृहमंत्री अमित शाह यांना संसदेचं विशेष चार दिवसीय अधिवेशन बोलावून या विषयावर चर्चा करण्याची विनंती करावी, असं म्हटलं होतं.