किर्तीकुमार कोठारी यांच्या नातेवाईकांसमक्ष त्याची सखोल चौकशी केली. खेडेकरने दिलेली माहिती व पोलिसांनी पाहिलेले सीसीटीव्ही फुटेज यामध्ये तफावत दिसून आली. त्यावर पोलिसांनी किर्तीकुमार कोठारी यांचा घातपात झाल्याच्या दृष्टीने तपास केला. तेव्हा भूषण खेडेकर याने पोलिसांना किर्तीकुमार कोठारी यांचा त्याने व त्याचे मित्र महेश मंगलप्रसाद चौगुले (वय ३९ वर्षे, व्यवसाय रिक्षा चालक बेग फायनान्स, रा. मांडवी, सदानंदवाडी, ता.जि. रत्नागिरी) आणि फरीद महामूद होडेकर (वय ३६ वर्षे, रा. भाट्ये, खोतवाडी, ता. जि. रत्नागिरी) अशा तिघांनी मिळून किर्तीकुमार कोठारी यांना त्रिमुर्ती ज्वेलर्स दुकानामध्येच हाताने व दोरीने गळा आवळून ठार मारले आणि मृतदेह दुकानामध्येच ठेवल्याची माहिती दिली.
कोठारी यांच्या हत्येनंतर रात्री उशिरा पुन्हा तिघांनी त्रिमुर्ती ज्वेलर्स दुकानात एकत्र येऊन, किर्तीकुमार कोठारी यांचा मृतदेह गोणीत घालून, तो दुकानातून बाहेर काढून, फरीद होडेकर व महेश चौगुले यांना त्याची कोठेतरी विल्हेवाट लावण्याबाबत सांगितल्यावरुन फरीद होडेकर व महेश चौगुले यांनी तो महेश चौगुले याच्या रिक्षातून नेल्याचे सांगितले. पोलिसांनी तात्काळ दाखल गुन्ह्यातील इतर दोन संशयीत आरोपींना ताब्यात घेतले व त्यांच्याकडे किर्तीकुमार कोठारी यांच्याबाबत तपास केला तेव्हा त्यांनीही भूषण खेडेकर यांच्याप्रमाणेच हकिकत सांगत, किर्तीकुमार कोठारी यांचा मृतदेह महेश चौगुले याच्या रिक्षातून घेऊन जात एके ठिकाणी टाकल्याचे सांगितले.
यानंतर पोलिसांनी आणि तिन्ही आरोपींना दाखल गुन्ह्यात अटक केली आहे व तपासादरम्यान संशयित आरोपीच्या सांगण्यानुसार किर्तीकुमार कोठारी यांचा मृतदेह भातगांव आबलोली रोडवरील एका पऱ्यातून तपासकामी ताब्यात घेतला.